毛細管電泳又稱高效毛細管電泳，是一類以毛細管為分離通道、以高壓直流電場為驅動力的新型液相分離技術。毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。長期困擾我們的生物大分子如蛋白質的分離分析也因此有了新的轉機。
毛細管電泳通常使用內徑為25-100μm的彈性（聚酰亞胺）涂層熔融石英管。標準毛細管的外徑為375μm，有些管的外徑為160μm。毛細管的特點是：容積?。ㄒ桓?00cm×75μm管子的容積僅4.4μL）；側面/截面積比大，因而散熱快、可承受高電場（100-1000V/cm）；可使用自由溶液、凝膠等為支持介質；在溶液介質下能產生平面形狀的電滲流。
由此，可使毛細管電泳具備如下優點：
1、高效塔板數目在105-106片/m間，當采用CGE時毛細管電泳色譜圖，塔板數目可達107片/m以上；
2、快速一般在十幾分鐘內完成分離；
3、微量進樣所需的樣品體積為nL級；
4、多模式可根據需要選用不同的分離模式且僅需一臺儀器；
5、經濟實驗消耗不過幾毫升緩沖溶液，維持費用很低；
6、自動CE是自動化程度較高的分離方法。
